Vào năm 2012, cô bị cuốn vào cuộc tranh cãi khi bị cơ quan quản lí cũ The Contents Media kiện, sau khi cô chuyển tới một công ty mới, Hoya Spotainment [20]. Tòa án tối cao Seoul đã phán quyết rằng Lee đã phạm tội vi phạm hợp đồng và ra lệnh cho cô phải bồi thường thiệt hại 120 triệu won (110.604 USD). Tuy nhiên, The Contents Media đã đưa ra một đơn kháng cáo, nói rằng cơ quan này nợ ít nhất gấp đôi số tiền đó vì đã lén kí kết với công ty quản lý mới trong khi hợp đồng với công ty cũ vẫn còn hiệu lực. Họ còn cáo buộc rằng cô đã có mối quan hệ với một người đàn ông 17 tuổi nhỏ hơn mình vào năm 2006, người mà họ tuyên bố đã trả hết hàng triệu won để không tiết lộ với báo chí và lăng mạ hình ảnh của cô. Cô phản đối The Contents Media và hai phóng viên đã đưa tin về sự phỉ báng này. Cô bị mất quyền kháng cáo vào tháng 2 năm 2013, và Toà án Tối cao Seoul đã phán quyết buộc cô phải trả số tiền đó trong phán quyết ban đầu. Không chỉ dừng lại ở đó, Lee Mi Sook còn bị tố đã lập nên một âm mưu giết người, bí mật thuê sát thủ giết ông Kim, giám đốc công ty quản lý cũ vì sợ chuyện ngoại tình với bồ trẻ trước khi ly hôn chồng cũng bị công ty này tiết lộ. Hơn thế, cô còn dính líu đến cái chết của cái chết của diễn viên Jang Ja Yeon vì cô đứng đầu đường dây giả mạo hồ sơ của Jang Ja Yeon, trong đó có những bức thư giả mạo chữ viết của Jang nhằm tố cáo ông bầu đã ép các nữ nghệ sỹ do mình quản lý phục vụ các đại gia.

Vào tháng 8 năm 2013, cô ký kết với một cơ quan khác, SidusHQ.